生物信息分析常用软件

可以进行标准分析和个性化分析，其中标准分析包括：差异表达基因分析、基因结构分析、新基因分析等。设定参数后点击提交进行分析，分析完成后在流程定制页面下生成标准化

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miRNA的鉴定与预测；miRNA表达量分析；miRNA靶基因预测；miRNA靶基因注释分类及富集等。设定参数后点击提交进行分析，分析完成后在基本分析页面下生成标准化

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差异表达基因分析、基因结构分析、新lncRNA预测及靶基因预测等。设定参数后点击提交进行分析，分析完成后在流程定制页面下生成标准化结题报告

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绘图工具集成了多款数据展示工具，在方便总览数据的同时，还可调整绘图、交互查看。目前可绘制图形：热图、韦恩图、柱图、饼图、箱线图、散点图、点线图、面积图。

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使用矩阵数据文件进行热图绘制，可以对矩阵数据进行筛选，归一化和聚类等处理。多用于不同样品间基因表达水平聚类分析。

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本工具可对FASTA文件进行提取、合并、切分、统计等操作，适用于不同分析场景，如： 1) 组装序列的过滤筛选； 2) 基因或其他元件的序列提取； 3) 针对不同软件的输入要求

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将xls/xlsx格式的excel文件转换为tab分隔的文本文件，包含多个sheet的文件，每个sheet都会转换为一个文本文件，文件名为sheet的名称。

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对通过与数据库的比对，对FASTA格式文件的序列进行功能注释。主要关注Result/Integrated_Function.annotation.xls这个表格和KEEG分析出的代谢通路图。

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基于局部比对算法的序列比对搜索工具。BLAST程序可根据database和infile文件序列类型自动从四种比对程序（blastn、blastp、blastx和tblastn）中选择合适的程序。

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对给定的基因集结合注释信息绘制GO分类富集图、KEGG分类富集及通路富集图，计算出基因的P_value和Corrected_P-value，定位基因最可能相关的GO term。

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根据ID列表提取fasta序列：根据给定的序列ID，到目标序列文件中提取出对应ID的序列。注意：ID文件的后缀只能是txt、list、id，且必须为文本文件

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加权基因共表达网络分析(WGCNA)是一种从表达数据中挖掘基因模块（module）信息的算法，可以用于分析各种表达谱数据，不仅是芯片数据，还可以用于二代测序数据得到

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数据提取类工具，提取相应ID行信息，是按照输入文件包含的ID列表从指定的目标文件中提取相应的行。输入文件只能为Tab分隔的文本文件，不支持excel文件。

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使用MEGA软件构建进化树，画树输入文件，Fasta格式，文件名必须要以.fa 或 .fas 或 .fasta 结尾。Align方法，推荐使用Muscle

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分析fasta序列的SSR(Simple Sequence Repeat)标记，用于后续的实验分析及验证，主要应用于转录本或者Unigene、CDS、EST等序列的SSR标记检测，及标记结果的引物设计。

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