CircRNA测序

产品介绍

 

环状RNA（circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子，也是RNA领域新的研究热点。与传统的线性RNA（linear RNA，含5’和3’末端）不同，circRNA分子呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响，表达更稳定，不易降解。近几年的研究表明，circRNA在生物的生长发育、对外界环境的抵御等方面具有重要的调控作用。CircRNA功能众多，可作为miRNA的海绵，竞争性结合miRNA，发挥ceRNA的调控功能，调控基因表达。近年来还发现与疾病的发生和发展密切相关，在疾病诊断标记物等方向具有很大的应用前景。

 

分析内容

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多种标准化和个性化分析

标准数据分析：与参考基因组对比、circRNA来源基因分析、预测circRNA、circRNA表达水平分析

高级数据分析：circRNA-miRNA互作分析、互作网络图绘制、ceRNA分析、WGCNA分析

结果展示

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circos分析

我们会对CircRNA在基因组上的分布作统计分析，并用circos图呈现出各个样品CircRNA表达量。circos图清晰展示出不同样品某位点环状RNA剪接稳点的数量及junction reads覆盖深度。

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差异CircRNA来源基因注释

生物体内，在特定条件下某些基因对应的转录本会形成环状RNA，失去编码功能，从而影响生物学表型。因此，针对circRNA的来源基因分别进行GO和KEGG注释及富集分析，有助于深入挖掘circRNA功能。

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CircRNA预测

百迈客综合目前应用最广泛的CircRNA预测软件对环状RNA成环的剪接位点进行预测，候选CircRNA的剪接位点两侧存在GU/AG。相同染色体上来源基因起止位点相同即为同一CircRNA。多个样品取并集得到的所有CircRNA用于后续分析。并且将CircAtlas数据库作为ircBase数据库的补充，使常见物种的已知circRNA鉴定的结果更加完善，更加丰富。

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差异CircRNA聚类分析

聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式，可通过将表达模式相同或相近的基因聚集成类，从而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能，同类基因可能具有相似的功能或共同参与同一代谢过程。对筛选出的差异表达CircRNA做层次聚类分析，将具有相同或相似表达行为的CircRNA进行聚类。

 成功案例

公司成立多年以来，拥有丰富的项目分析经验，累计完成近千个样品的circRNA项目研究，物种涉及广泛，包括人鼠、动物、植物常见的组织部为及细胞样本。可根据项目需要选择方案，保障结果精准。

常见问题

没有参考基因组是否能做CircRNA呢？

答：在CircRNA预测时，测序clean reads需要与参考基因组比对，得到准确的成环剪接位点（breakpoint）;如果没有参考基因组或者只有无参转录组得到的Unigene，可能会由于拼接错误等造成CircRNA预测不准确，所以为了得到准确的分析结果，需要选择有参考基因组物种进行分析。

CircRNA的成环机制都有哪些？

答：CircRNA的成环机制有：套索驱动的环化；内含子配对驱动的环化；内含子环化；RBP或一类反式因子驱动的环化；可变剪接引起的环化。

circRNA测序对于样本有什么要求？

答：circRNA测序产品可以对动植物、全血、细胞等组织或者核酸样本进行测序，分析要求需要有对应物种的参考基因组，具体的送样指导，请参考如下内容：

circRNA主要的作用机制?

1、作为miRNA分子的海绵 ，circRNA含有大量的miRNA结合位点，具有miRNA海绵作用，进而间接调控miRNA下游靶基因的表达。
2、circRNA调控其亲本基因的表达，circRNA在转录后和基因表达调控中起着举足轻重的作用。已有结果表明，circRNA可以增强其亲本基因的转录。
3、circRNA与RNA结合蛋白互作，些环状RNA上有一个或者多个RNA结合蛋白的结合位点，可作为蛋白分子的海绵体。
4、编码功能 ，circRNA虽然属于非编码RNA，但是也有少数circRNA可以编码多肽，通过编码多肽行使调控功能。

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