基本測序結(jié)果分析：

在自然狀態(tài)下很難保證所有F1群體均是目標(biāo)親本的子代，所以作者進(jìn)行了親自鑒定的工作，最終剩下157個正牌的F1子代；
共獲得了139,113,148個reads，其中Q值大于30以上的高質(zhì)量數(shù)據(jù)占88.64%，GC含量為37.45%。父母本reads數(shù)分別為9,025,115和8,571,660，F(xiàn)1子代平均為773,990。與之對應(yīng)的高質(zhì)量SLAF-tag數(shù)為239,704個，其中父母本中開發(fā)的SLAF-tag數(shù)分別為201,805和206,806個，深度為19.25X和20.70X；子代中平均SLAF-tag為123,038個，平均深度為3.11X；
聚類分析后共獲得多態(tài)性的SLAF-tag132,542個，其中可成功進(jìn)行二等位編碼的SLAF-tag108,004個，選擇適合F1群體作圖的多態(tài)性標(biāo)記后，利用測序深度和完整度過濾，最終剩余4,508個多態(tài)性SLAF標(biāo)記用于遺傳圖譜的構(gòu)建；

遺傳圖譜構(gòu)建：

結(jié)合506個SSR標(biāo)記和4,508個SLAF標(biāo)記，進(jìn)行遺傳圖譜的構(gòu)建，成功構(gòu)建了珍珠蚌19條連鎖群，共含有標(biāo)記4,920個，中性圖總圖距為2,713cM，平均圖距為1.81cM。雄性圖包括3,233個標(biāo)記，總圖距2,561cM，雌性圖包含標(biāo)記3,123個，總圖距2,810cM；

圖1 珍珠蚌高密度遺傳圖譜

遺傳圖譜比較統(tǒng)計分析：

作者之前利用SSR標(biāo)記做的遺傳圖譜和利用SLAF-seq構(gòu)建的遺傳圖譜進(jìn)行了比較。兩張遺傳圖譜均構(gòu)建了珍珠蚌19條連鎖群，但是標(biāo)記數(shù)，圖距，分辨率均不同。SSR標(biāo)記包含了506個標(biāo)記，總圖距1,922.3cM，平均圖距3,99cM，大的Gap數(shù)較多，而基于SLAF-seq的圖譜在以上指標(biāo)上均顯著優(yōu)于SSR標(biāo)記圖譜。

QTL定位分析：

共定位到了26個和珍珠品質(zhì)相關(guān)的QTL，分別位于第1,4,8，14，15和17號連鎖群上，PVE范圍為8.45%-22.8%。在1號連鎖群上定位到3個殼寬QTLs，在第1和第15號連鎖群上分分別定位到1個控制殼重的QTL。第8號染色體上定位到體重相關(guān)的7個QTL，另外，作者也定位到了大量其他性狀的QTL。同時對第17號染色體上的4個和貝殼珍珠層顏色相關(guān)的QTL進(jìn)行簡單的統(tǒng)計驗證。

文章亮點總結(jié)：

1.材料：珍珠蚌需要生長到一定年限才能有珍珠產(chǎn)生，本文材料非常難得，是能獲得較好結(jié)果的基礎(chǔ)；2.有SSR遺傳圖譜的構(gòu)建，并與SLAF標(biāo)記進(jìn)行了整合，圖譜密度高；
3.利用遺傳圖譜定位到了大量和珍珠質(zhì)量相關(guān)的QTL，相關(guān)標(biāo)記可以進(jìn)一步開發(fā)用于分子標(biāo)記輔助育種，具有重要的經(jīng)濟(jì)價值；
4.部分QTL區(qū)域的標(biāo)記進(jìn)行簡單的統(tǒng)計學(xué)驗證，使QTL定位結(jié)果的可靠性增加。
本期文獻(xiàn)解讀就到這里，提前透露下，圖譜君最近正在運作另外一篇水產(chǎn)物種的圖譜構(gòu)建，QTL并且利用一種高（漲）逼（姿）格（勢）的方法進(jìn)行QTL驗證的文章，敬請期待~~~

參考文獻(xiàn)：
Bai Z Y, Han X K, Liu X J, et al. Construction of a high-density genetic map and QTL mapping for pearl quality-related traits in Hyriopsis cumingii[J]. Scientific Reports, 2016, 6.