10×單細胞全長轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)
快速有效的獲取高質(zhì)量單個RNA分子全部序列
產(chǎn)品介紹
10×單細胞全長轉(zhuǎn)錄組測序利用ONT長讀長實時測序技術(shù)結(jié)合10X技術(shù)可以直接讀取反轉(zhuǎn)錄的全長cDNA，并進行快速分析。這樣能夠有效的獲取高質(zhì)量的單個RNA分子的全部序列，準確辨別二代測序無法識別的同源異構(gòu)體 （isoform）、同源基因、超家族基因或等位基因表達的轉(zhuǎn)錄本。
技術(shù)優(yōu)勢
細胞獲取通量高
讀長長
獲取reads數(shù)多
單張芯片可混上萬個cell
實驗原理
Nanopore測序借助分子通過納米孔時引起孔兩側(cè)電位差來實現(xiàn)信號檢測，而ATCG四種堿基的帶電性質(zhì)不同，因此通過電信號差異特征即可檢測出通過納米孔的堿基類型，從而實現(xiàn)測序。
結(jié)果展示
1141個細胞的Illumina基因表達（h）和納米孔轉(zhuǎn)錄本表達（i）的t-SNE圖[2]。
差異基因（a）和差異轉(zhuǎn)錄本（b）的表達情況[2]
相關(guān)問題
10×單細胞全長轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的應(yīng)用方向有哪些？
細胞圖譜繪制、生物標志物分析、腫瘤異質(zhì)性與耐藥分析、干細胞分化與潛能研究
怎樣從全血中分離 PBMC？
(1). 將全血用 PBS 1:1 在錐形管中稀釋；
(2). 在稀釋的樣本上面加入等體積的 Ficoll；
(3). 1000g 離心 20min;
(4). 將位于 PBS 和 Ficoll 層間的 PBMC 轉(zhuǎn)移到一個新的管中；
(5). 加入 PBS 清洗細胞；
(6). 4℃，300-400g 離心細胞懸液 4-5min，去除上清液；
(7). 用不含鈣鎂的 1X PBS + 0.04%BSA 緩沖液重懸沉淀細胞并做計數(shù)和活力分析；
(8). 重復(fù)步驟 6 后，將細胞用不含鈣鎂的 1X PBS + 0.04%BSA 緩沖液重懸至細胞濃度為 2×10^7/ml。
相關(guān)文獻
[1]
Singh M, Al-Eryani G, Carswell S, et al. High-throughput targeted long-read single cell sequencing reveals the clonal and transcriptional landscape of lymphocytes. Nat Commun. 2019;10(1):3120. Published 2019 Jul 16.
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[2]
Kevin Lebrigand, Virginie Magnone,Pascal Barbry,Rainer Waldmann.High throughput, error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing.November 05, 2019
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