近日，依靠百邁客 公司研發(fā)的SLAF-seq技術(shù)及HighMap構(gòu)圖軟件，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)、揚(yáng)州大學(xué)與百邁客合作完成兩項(xiàng)黃瓜高密度遺傳圖譜繪制，成果分別發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊《BMC Genomics》、《Frontiers in Plant Science》上。
百邁客與南京農(nóng)業(yè)大學(xué)合作完成的黃瓜高密度遺傳圖譜繪制與果實(shí)性狀QTL定位研究中，運(yùn)用百邁客SLAF-seq及HighMap構(gòu)圖軟件構(gòu)建了黃瓜高密 度遺傳圖譜。此圖譜包含了1,800個(gè)分子標(biāo)記，總圖距為890.79 cM, 標(biāo)記間平均距離為0.5 cM。同時(shí)定位到果實(shí)長(zhǎng)度和重量的QTL位點(diǎn)9個(gè)，其中QTL位點(diǎn)fl3.2對(duì)表型變異的貢獻(xiàn)率為44.60% 。此外，利用繪制的高密度遺傳圖譜矯正了兩個(gè)組裝錯(cuò)誤的scaffolds。
百邁客與揚(yáng)州大學(xué)合作完成的黃瓜高密度遺傳圖譜研究中，運(yùn)用SLAF-seq及HighMap構(gòu)圖軟件成功構(gòu)建了黃瓜高密度遺傳圖譜。此圖譜包含了 1,892個(gè)分子標(biāo)記，總圖距為845.87 cM, 標(biāo)記間平均距離為0.45 cM。這張高密度的遺傳圖譜為QTL精細(xì)定位及黃瓜的分子育種提供了基礎(chǔ)。
此兩項(xiàng)研究成果是重要作物遺傳圖譜的研究成果，為研究黃瓜的遺傳多樣性及進(jìn)化歷程提供了新的啟示，奠定了解析重要馴化性狀建成、發(fā)掘優(yōu)異基因/標(biāo)記的基礎(chǔ)。同時(shí)為黃瓜種質(zhì)資源的保護(hù)、開(kāi)發(fā)、利用和拓寬黃瓜育成品種遺傳基礎(chǔ)、推進(jìn)新品種培育進(jìn)程提供了重要信息資源。
SLAF-seq技術(shù)是百邁客研發(fā)的一種簡(jiǎn)化基因組分析技術(shù)，此技術(shù)酶切方案靈活、避開(kāi)重復(fù)序列、不受參考基因組的限制。SLAF-seq技術(shù)已成功應(yīng)用于群體進(jìn)化、圖譜構(gòu)建、QTL定位、大規(guī)模群體的全基因組關(guān)聯(lián)分析和輔助scaffold組裝到染色體等研究中，幫助科研者進(jìn)行功能基因定位和分子育 種。目前，此技術(shù)已在多個(gè)物種中成功實(shí)施，如獼猴桃、大豆、芝麻、玉米、黃瓜、林木和水產(chǎn)等，多項(xiàng)研究成果發(fā)表在國(guó)際雜志上。
HighMap是百邁客研發(fā)的高密度遺傳圖譜構(gòu)建軟件，HighMap構(gòu)圖過(guò)程主要包括連鎖分群、標(biāo)記排序、基因型糾錯(cuò)和圖譜評(píng)估4部分，采用多次排 序和糾錯(cuò)策略，可以提高測(cè)序數(shù)據(jù)的利用率，提供更z確的標(biāo)記排序、穩(wěn)定的遺傳距離和高質(zhì)量的圖譜。對(duì)比其他作圖軟件，其運(yùn)算速度、容納錯(cuò)誤數(shù)據(jù)的能力、標(biāo) 記的排序和圖譜質(zhì)量等方面都遠(yuǎn)勝于JoinMap4.1和JoinMap4.0。利用該構(gòu)圖軟件繪制的遺傳圖譜發(fā)表在多篇雜志上。
此兩項(xiàng)研究成果的發(fā)表進(jìn)一步提升了SLAF-seq及HighMap在基因組學(xué)研究領(lǐng)域中的地位，也表明了百邁客在功能基因挖掘方面的強(qiáng)大實(shí)力。