DNA甲基化是表觀遺傳的經(jīng)典修飾方式，其并不改變基因的堿基序列，而是通過改變基因的表達(dá)影響細(xì)胞的功能，在調(diào)控基因表達(dá)、維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、基因印記、X染色體失活以及胚胎發(fā)育等生物學(xué)過程中發(fā)揮著重大的作用。DNA 甲基化的形式多種多樣，主要包括 C5-甲基胞嘧啶（5mC）、N6-甲基腺嘌呤（6mA）等。

目前市場(chǎng)常用重亞硫酸鹽法檢測(cè)5mC，其√確度高，但化學(xué)處理會(huì)導(dǎo)致DNA分子的片段化、測(cè)序深度高、無法鑒定更多修飾類型。Nanopore技術(shù)作為新一代基于納米孔的單分子實(shí)時(shí)電信號(hào)測(cè)序技術(shù)，截至目前，全球范圍內(nèi)基于Nanopore平臺(tái)進(jìn)行的甲基化研究文章近10篇，見刊于nature methods、bioRxiv等國(guó)際知名期刊。

ONT甲基化測(cè)序流程

不同于傳統(tǒng)的甲基化檢測(cè)方法，使用ONT平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序前，不需要再對(duì)DNA樣本進(jìn)行化學(xué)處理，避免了人為因素和化學(xué)因素的影響。具體步驟如下：

1、提取高質(zhì)量基因組 DNA，利用Nanodrop、Qubit 和35% 瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行純度、濃度和完整性質(zhì)檢；

2、將基因組DNA打斷成平均8kb左右；

3、使用SQK-LSK109連接試劑盒（ONT官方試劑）進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建，包括DNA 損傷修復(fù)和末端修復(fù)、接頭連接、磁珠純化等；

4、使用Qubit 進(jìn)行文庫(kù)定量。

? ? ? ? 圖1 甲基化建庫(kù)流程? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖2 ONT 電信號(hào)識(shí)別

待文庫(kù)構(gòu)建完成后，就可進(jìn)行上機(jī)測(cè)序。 ONT 測(cè)序是新一代基于納米孔的單分子實(shí)時(shí)電信號(hào)測(cè)序技術(shù)，由于 DNA 鏈上不同堿基化學(xué)性質(zhì)存在差異，所以當(dāng)單個(gè)堿基通過納米孔通道時(shí)，會(huì)產(chǎn)生不同的電信號(hào)，而當(dāng)存在堿基修飾時(shí)，同一位置的電信號(hào)也會(huì)有所差別?；诖?，軟件則將這些電信號(hào)進(jìn)行識(shí)別，判讀為不同的修飾信息。

ONT甲基化的優(yōu)勢(shì)?

?單堿基水平檢測(cè)，無中間處理，不擴(kuò)增、不富集，真實(shí)還原堿基修飾信息

?測(cè)序讀長(zhǎng)長(zhǎng)，避免短讀長(zhǎng)帶來的拼接比對(duì)錯(cuò)誤，鑒定z確

?鑒定種類豐富，5mC、6mA多種堿基修飾一次搞定，性價(jià)比高

?可進(jìn)行等位基因特異性甲基化檢測(cè)

?ONT 甲基化成功案例

使用ONT平臺(tái)進(jìn)行甲基化研究可謂日漸火熱，截至目前，已經(jīng)有十多篇文章發(fā)表，研究學(xué)者的熱情日益高漲。百邁客將目前見刊的文章給大家進(jìn)行了匯總，方便查閱

自從2017年開啟ONT平臺(tái)研發(fā)立項(xiàng)，百邁客不斷探索與前進(jìn)，經(jīng)過一年多時(shí)間的沉淀與磨礪，百邁客Nanopore測(cè)序技術(shù)已經(jīng)逐步成熟并且達(dá)到穩(wěn)定狀態(tài)。截至目前，百邁客已擁有3臺(tái)ONT PromethION，并建立超過上百種物種類型的文庫(kù)，擁有大量的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)！無論是技術(shù)還是項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)上，都實(shí)力過硬！

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