LinkageMapView是一個用R編寫的免費的包，可以繪制遺傳連鎖圖譜和QTL圖譜，我們在拿到遺傳圖譜之后，可以通過此功能來對圖譜進行可視化，展示的形式也是多種多樣的，還可以在圖片上增加QTL的內容，最方便的是可以直接將R/qtl的輸出作為LinkageMapView的輸入，也可以接收txt和csv格式。

1.下面具體介紹一下包的安裝和使用

安裝的命令：

Install.packages(“LinkageMapView”)

安裝的過程可能會出現報錯，先檢查一下是不是R版本過低，升級一下R版本。

載入的命令：

library(LinkageMapView)


LinkageMapView包中主要有一個函數——lmv.linkage.plot，包括的參數非常多，在說明文檔中僅僅是參數說明就用了4頁，所以我們了解一些常用的即可。

2.下面進行實例介紹

1、最簡單的圖譜繪制

 

代碼如下：

library(qtl)
data(hyper)
lmv.linkage.plot(mapthis=hyper,outfile=”a.pdf”,mapthese=c(1,4,6,15),main=”genetic?map”)

 

使用qtl包中hyper數據，mapthis是lmv.linkage.plot函數輸入的數據集參數，第一列是連鎖群編號，第二列是圖距信息，第三列是標記名稱，此參數為必給的參數，outfile是輸出的pdf圖片名稱，必給的參數，mapthese用于選擇繪制那些連鎖群，可選參數，不設置的話，會默認將所有連鎖群都繪制,main設置標題。

 

2、變更部分標記名稱顏色

代碼如下：

flist[[1]]?<-?list(locus?=?c(“D1Mit123″,”D1Mit105″,”D6Mit273″,”D15Mit56″,”D15Mit156”),col=c(“red”))
flist[[2]]?<-?list(locus?=?c(“D4Mit149″,”D4Mit237″,”D6Mit36”),col=c(“blue”))
lmv.linkage.plot(hyper,”b.pdf”,mapthese=c(1,4,6,15),markerformatlist=flist)

 

先創(chuàng)建一個有兩個成分的列表，只想展示一個顏色就用一個成分的列表。locus給標記名稱的向量，col給顏色的向量。Markerformatlist給創(chuàng)建的列表。

 

3、顏色設置

 

代碼如下：

lmv.linkage.plot(hyper,”c.pdf”,
mapthese=c(1,4,6,15),
pdf.bg=”grey”,col.lgtitle=”green”,
lg.col=”yellow”,lcol=”red”,rcol=”orange”)

 

pdf.bg：pdf背景色
col.lgtitle：連鎖群名稱顏色
lg.col：連鎖群柱子顏色
lcol：遺傳位置label的顏色
Rcol：標記名稱label的顏色

 

4、字體、字號設置

代碼如下：

lmv.linkage.plot(hyper,”d.pdf”,mapthese=c(1,4,6,15),pdf.bg=”grey”,col.lgtitle=”green”,???????????????pdf.height=8,lg.col=”yellow”,lcol=”red”,rcol=”orange”,?????????????????lfont=1,lcex=1.2,rfont=4,rcex=2,font.lgtitle=3,cex.lgtitle=3)

 

lfont：遺傳位置label的字體設置，1代表純文本，2代表粗體，3代表斜體，4代表粗斜體
lcex:遺傳位置label的字號大小設置
rfont：標簽label的字體設置
rcex：標簽label的字號大小設置
font.lgtitle：連鎖群編號字體設置
cex.lgtitle：連鎖群編號字號大小設置

 

5、部分染色體柱子上色

 

代碼如下：

chr?=?c(1,?4,?6,?15)
s?=?c(82,35,9.8,7.7)
e?=?c(94,47,21.9,13.1)
col?=?c(“pink”,”blue”,”blue”,”green”)
sectcoldf?<-?data.frame(chr,?s,?e,?col,stringsAsFactors?=?FALSE)
lmv.linkage.plot(hyper,”e.pdf”,mapthese=c(1,4,6,15),?????????????sectcoldf=sectcoldf)

 

sectcoldf為連鎖群柱子部分上色參數，上色信息以data.frame格式儲存，每一行是一個上色區(qū)域，第一列是連鎖群編號，第二列是對應連鎖群上色起始，第三列是上色終止，第四列是對應的顏色。

 

6、標簽顯示形式設置

 

 

代碼如下：lmv.linkage.plot(hyper,”f.pdf”,mapthese=c(1,4,6,15),ruler=TRUE,maxnbrcolsfordups?=?1)

 

ruler=TRUE代表用縱坐標表示遺傳位置，FALSE代表以位置label的形式表示遺傳位置，默認FALSE。

Maxnbrcolsfordups 表示標記label用幾列表示，默認3.

 

7、相同標記名稱連線

 

 

代碼如下：

data(carrot)
lmv.linkage.plot(mapthis?=?carrot,outfile?=?“g.pdf”)

函數會自動將連鎖群之間標記名一樣的標記進行連線，autoconnadj=FALSE可以關閉此功能

 

8、標記名稱不同連線

 

 

代碼如下：

fromchr?=?c(1,1,4)
fromlocus?=?c("D1Mit123","D1Mit105","D4Mit53")
tochr?=?c(4,4,6)
tolocus?=?c("D4Mit149","D4Mit108","D6Mit273")
conndf?<-?data.frame(fromchr,fromlocus,tochr,tolocus,stringsAsFactors?=?FALSE)
lmv.linkage.plot(hyper,"h.pdf",mapthese?=?c(1,4,6,15),conndf?=?conndf)需要連線的標記對以data.frame存儲，每行一對連線，第一列是線一端的起始連鎖群編號，第二列是起始的標記名稱，第三列是線另一端終止連鎖群編號，第四列是終止的標記名稱。9、翻轉連鎖群順序

圖一為原始圖

 

 

圖二為翻轉圖

代碼如下：

lmv.linkage.plot(hyper,”i.pdf”,mapthese?=?c(1,4),revthese?=?“1”)

 

revthese參數后面接需要翻轉的連鎖群編號

 

10、密度圖譜繪制

 

 

代碼如下：

data(oat)
lmv.linkage.plot(oat,”j.pdf”,mapthese=c(“Mrg01″,”Mrg02″,”Mrg03″,”Mrg05”),denmap=TRUE)

 

denmap是控制是否畫密度圖的開關，畫密度圖的同時不顯示標記名稱和遺傳位置信息。

 

11、QTL繪制

 

qtldf?<-?data.frame(
chr?=?character(),
qtl?=?character(),
so?=?numeric(),
si?=?numeric(),
ei?=?numeric(),
eo?=?numeric(),
col?=?character(),
stringsAsFactors?=?FALSE
)
qtldf?<-?rbind(qtldf,
data.frame(
chr?=?“6”,
qtl?=?“Trait1″,
so?=?25,
si?=?40.4,
ei?=?40.4,
eo?=?56.8,
col=”red”
))
lmv.linkage.plot(hyper,”k.pdf”,?mapthese=c(1,4,6,15),qtldf?=?qtldf)

qtldf參數后接qtl信息，qtl信息存儲在data.frame格式的qtldf里，一行一個qtl信息，第一列是連鎖群編號，第二列是qtl名，第三列是qtl外區(qū)間起始，第四列是qtl內區(qū)間起始，第五列是qtl內區(qū)間終止，第六列是qtl外區(qū)間終止，第七列是顏色。

 

以上是LinkageMapView包常見的幾個用法，LinkageMapView包可以接收R/qtl的輸出結果也可以單獨整理成本文輸入，輸入靈活，并且可以繪制高密度的圖譜，更適用于現在的高通量測序下構建的遺傳圖譜。感興趣的同學，趕快去試試吧！如果您還有什么疑問，也歡迎點擊下方按鈕聯系我們，我們將免費為您設計文章思路方案。