摘要

買麻藤屬的大部分種類廣泛分布于熱帶地區(qū)，有著廣泛的工業(yè)用途，包括繩、網(wǎng)以及紙的制造。盡管已經(jīng)有許多研究對莖的發(fā)育過程進(jìn)行了解剖研究，但在買麻藤屬植物中，調(diào)控這一發(fā)育過程的潛在分子機(jī)制仍鮮為人知。利用Oxford Nanopore技術(shù)，從羅浮買麻藤（Gnetum lofuense）莖發(fā)育的四個階段取樣，共獲得12個樣本進(jìn)行全長轉(zhuǎn)錄組測序。分析結(jié)果顯示，共發(fā)現(xiàn)了24,151個可變剪接（AS）和134,391個可變多聚腺苷酸化（APA）。在四個發(fā)育階段中，發(fā)現(xiàn)可變剪接呈現(xiàn)動態(tài)變化，特別是內(nèi)含子保留的情況，而可變多聚腺苷酸化位點(diǎn)的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量沒有發(fā)現(xiàn)動態(tài)變化。共檢測到728個lncRNA，順式調(diào)控的靶基因數(shù)量顯著增加，而反式調(diào)控的靶標(biāo)基因數(shù)量沒有變化。此外，對所有全長轉(zhuǎn)錄本的K-mean聚類分析顯示，初生生長與碳水化合物代謝和真菌防御有關(guān)，而次生生長與光合作用、氮轉(zhuǎn)運(yùn)和葉片個體發(fā)育密切相關(guān)。通過加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析和差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本分析發(fā)現(xiàn)，bHLH，GRF和MYB相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子參與了羅浮買麻藤莖的初生生長，而AP2，MYB，NAC，PLZA和bZIP參與了羅浮買麻藤莖的次生生長。本研究結(jié)果進(jìn)一步證明，納米孔測序技術(shù)為生成全長轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和研究種子植物器官發(fā)育提供了一種經(jīng)濟(jì)有效的方法。

活動信息

本期文獻(xiàn)秀就邀請了本文作者為大家?guī)磉@篇文獻(xiàn)的詳細(xì)解讀，想詳細(xì)了解這篇文獻(xiàn)設(shè)計(jì)分析思路的同學(xué)歡迎參加本次直播活動：

主題：【納米孔測序技術(shù)】全長轉(zhuǎn)錄組的比較分析揭示羅浮買麻藤莖的動態(tài)變化

時間：5月25日16:00

形式：線上直播

主辦方：百邁客生物

分享嘉賓

侯晨 博士

畢業(yè)于斯德哥爾摩大學(xué)（瑞典）植物系統(tǒng)發(fā)育學(xué)專業(yè)，中山大學(xué)博士后，廣東省林業(yè)科學(xué)研究院助理研究員，主要研究方向?yàn)檎翆僦参稞埬X累積的分子機(jī)制，澳洲堅(jiān)果種子，買麻藤屬發(fā)育和轉(zhuǎn)錄組。

劉紹艷 博士

畢業(yè)于南京農(nóng)業(yè)大學(xué)，百邁客生物實(shí)驗(yàn)研發(fā)工程師，主要負(fù)責(zé)ONT平臺各產(chǎn)品的相關(guān)研發(fā)工作。

活動支持

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關(guān)于文獻(xiàn)秀

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