環(huán)狀RNA是新近發(fā)現(xiàn)的一類特殊的非編碼RNA分子，也是RNA領(lǐng)域新的研究熱點。與傳統(tǒng)的線型RNA不同，環(huán)狀RNA分子呈封閉環(huán)狀結(jié)構(gòu)，不受RNA外切酶影響，表達更穩(wěn)定，不易降解。今天解讀的第五篇案例是研究番茄circRNA的文章，也是番茄circRNA的文章哦~~~

中文名：冷害刺激下番茄中circRNA的作用分析
英文名：Deciphering the roles of circRNAs on chilling injury in tomato
雜志：Biochemical and Biophysical Research Communications，2016
影響因子：2.371

研究背景

circRNA（環(huán)狀RNA）能夠調(diào)控miRNA功能和基因轉(zhuǎn)錄，近期通過高通量測序技術(shù)在動植物當(dāng)中發(fā)現(xiàn)了大量的circRNA。然而，番茄果實中的circRNA研究地還很少。番茄是一種常見的茄科蔬菜，對冷害特別敏感。為了深入理解circRNA在冷害刺激下的作用，這篇文章用高通量測序技術(shù)研究了番茄果實中的cricRNA。

實驗設(shè)計

實驗材料：綠熟期番茄果實分為兩個組：
對照組置于10℃冰箱72小時；
冷害組置于0℃冰箱72小時；
取中果皮組織液氮速凍，混樣，用于提取RNA；
共2個樣品，無生物學(xué)重復(fù)。
測序方法：去線性建庫，Illumina HiSeq 2500，PE125。數(shù)據(jù)量每個樣品約5G。

技術(shù)路線：

 

 

研究結(jié)果

一.番茄中circRNA的鑒定

1.circRNA數(shù)量統(tǒng)計

 

2.染色體來源分析發(fā)現(xiàn)，1號染色體產(chǎn)生的circRNA最多。

3.為進一步了解番茄circRNA的功能，文章分析了circRNA靶向基因，共發(fā)現(xiàn)了862個靶向基因，并對這些基因進行了GO分析。表明這些基因參與了多種生理過程，如氧化還原反應(yīng)、細(xì)胞壁降解、脂質(zhì)過氧化反應(yīng)、茉莉酸代謝和脫落酸代謝等。

二、circRNA作為miRNA的海綿調(diào)控miRNA功能

1、對circRNA的靶向miRNA分析，發(fā)現(xiàn)102個circRNA共能夠靶向24個miRNA。這些靶向的miRNA調(diào)控的基因參與了氧化還原反應(yīng)、細(xì)胞壁降解、熱激蛋白等生理過程，說明circRNA能夠作為miRNA的海綿調(diào)控miRNA功能。

部分miRNA列表

2、在854個circRNA中，有163個存在明顯表達差異。與對照組相比，冷害組中有138個上調(diào)的circRNA，25個下調(diào)的circRNA。

文章亮點

1.circRNA靶向基因分析表明circRNA可能通過調(diào)節(jié)靶向基因應(yīng)對冷害刺激；
2.circRNA還可以作為miRNA的吸附海綿調(diào)控miRNA的功能；
3.文章還比較了冷害刺激下番茄果實circRNA的表達差異，有163個存在明顯表達差異，說明番茄果實的circRNA受冷害脅迫調(diào)節(jié)；