關(guān)于產(chǎn)量

三代測序儀以其超長讀長的優(yōu)勢，在基因組學(xué)中備受青睞。Nanopore平臺(tái)借助單個(gè)分子通過納米孔時(shí)引起孔兩側(cè)電位差來實(shí)現(xiàn)信號(hào)檢測，從而實(shí)現(xiàn)測序。因Nanopore測序讀長更長且通量高的特點(diǎn)，近幾年在基因組組裝應(yīng)用中嶄露頭角。

百邁客全新R9芯片單cell數(shù)據(jù)量由之前的97Gb提升至178 Gb，產(chǎn)量提升近2倍。R10芯片單cell數(shù)據(jù)量也達(dá)到了80 Gb。更長的讀長，更高的產(chǎn)量將使得高重復(fù)大基因組更易被解析。

表1 同一樣品不同芯片對(duì)比產(chǎn)出情況（Denovo 30Kb 文庫）

表2 不同樣品及試劑盒產(chǎn)出情況統(tǒng)計(jì)

關(guān)于質(zhì)量值

本次更新不僅是有了量的突破，同時(shí)也有了質(zhì)的飛躍，Oxford Nanopore近期發(fā)布了一款名為Bonito CRF的新算法，基于大數(shù)據(jù)進(jìn)行準(zhǔn)確度訓(xùn)練，可有效提高對(duì)單條讀長序列識(shí)別（在DNA單分子上確定堿基序列過程）的準(zhǔn)確性。通過與最常用的basecalling軟件比對(duì)可以發(fā)現(xiàn)，Bonito可以有效提升序列識(shí)別的準(zhǔn)確性，使得高準(zhǔn)確性基因組組裝成為可能。

表3 新舊Basecalling軟件對(duì)同一數(shù)據(jù)識(shí)別準(zhǔn)確性比對(duì)

為了比較兩種新版本測序芯片準(zhǔn)確性情況，百邁客研究團(tuán)隊(duì)對(duì)新版本R9與R10芯片進(jìn)行basecalling，結(jié)果不難發(fā)現(xiàn)同一芯片下，Bonito比Guppy提升了~9%，而R10準(zhǔn)確性已突破90%。

表4 新R9.4.1及R10 basecalling結(jié)果比對(duì)

圖1 同一樣本R9.4.1 vs R10 原始產(chǎn)出質(zhì)量值對(duì)比

Bonito下R10準(zhǔn)確率數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)，容小編在這里小小的賣個(gè)關(guān)子，下次揭曉謎底~ 可以預(yù)見的是，R10結(jié)合Bonito將在更廣泛的基因組范圍內(nèi)獲得一致的高精度結(jié)果！后續(xù)小編將會(huì)系統(tǒng)的展示高質(zhì)量下基因組的組裝結(jié)果及情況，后續(xù)更多數(shù)據(jù)及結(jié)果敬請(qǐng)期待！
百邁客作為ONT全球戰(zhàn)略合作伙伴，將繼續(xù)為所有的科研工作者提供更長更準(zhǔn)的測序及分析服務(wù)。

百邁客與ONT戰(zhàn)略合作簽約合影

（右下：百邁客CEO鄭洪坤先生；左下：牛津納米孔CEO Gordan Sanghera博士）

百邁客自2018年8月與牛津納米孔公司達(dá)成長期合作，擁有MinION、GridION X5和PromethION三種型號(hào)全套納米孔測序儀。更是中國大陸全部通過PromthION/GridION平臺(tái)及DNA/RNA產(chǎn)品官方認(rèn)證的公司。