細(xì)胞注釋主要有兩種方法：

1）基于參考數(shù)據(jù)庫利用軟件工具（SingleR、SCINA）進(jìn)行自動(dòng)化；

2）基于參考數(shù)據(jù)庫、文獻(xiàn)資料確定已知細(xì)胞類型的特征表達(dá)基因（marker標(biāo)記）列表和相關(guān)通路進(jìn)行人工注釋。細(xì)胞注釋要同時(shí)結(jié)合自動(dòng)化注釋和人工注釋，這兩種方法并不是獨(dú)立割裂開來的，需要搭配使用，軟件自動(dòng)化細(xì)胞注釋方法方便且系統(tǒng)化，完全依賴于參考數(shù)據(jù)集，注釋的結(jié)果有時(shí)也并不是高置信度注釋。在百邁客提供的數(shù)據(jù)庫自動(dòng)注釋的基礎(chǔ)上，老師提供對應(yīng)細(xì)胞群/亞群的marker基因列表，如T細(xì)胞：CD4、CD8，可以根據(jù)已發(fā)表的文章（物種、疾病、組織檢索）或者cell marker數(shù)據(jù)庫進(jìn)行進(jìn)一步的人工注釋校正，可大大提高注釋的準(zhǔn)確度。